追加方法をすっかり忘れていたのでメモ。
まずはコントロールパネルにログイン。
https://secure.sakura.ad.jp/rscontrol/rs/
今は新しいコントロールパネルがリリースされているので、そっちに切り替える。

左メニューの ドメイン/SSL > ドメイン/SSL を選択。

ドメイン一覧が表示されるので、その上にある「ドメイン新規追加」を選択。

画面が切り替わったら、下の方にある「他社で取得したドメインを移管せずに使う」を選択。

希望するサブドメイン名と独自ドメイン名を入力して、「追加」を押せば完了。

やってみれば簡単だけど、この方法を探し当てるまで3日もかかってしまった。。。