UnityではJavaScriptとC#が扱えるのですが、
その言語間でデータのやりとりをしたい場合があります。

非常にわかりやすい例がありました。
http://www.41post.com/1935/programming/unity3d-js-cs-or-cs-js-access

この例は変数を受け取っていたのですが、メソッド呼び出しもいけるようです。
以下は、メソッドを付け加えた例です。

myJS.js
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public var message : String = "myJS is called";
public function showMessage() {
    print("showMessage(myJS.js) is called.");
}
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myCS.cs
-----------------------------------
using UnityEngine;
using System.Collections;
public class myCS : MonoBehaviour 
{
    public string message = "myCS is called";	
    public void showMessage(){
        print("showMessage(myCS.cs) is called.");
    }
}
-----------------------------------

参照元ページでも注意がありますが、
上記2ファイルは「Standard Assets」または「Plugins」フォルダ配下に置く必要があります。

あとは、各々を呼び出すスクリプトを用意すれば完了です。
下の例では、変数やメソッドにアクセスして、コンソール画面と画面にラベル表示しています。

CallCSCode.js(C#内のものを呼び出す)
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private var csScript : myCS;
function Awake () {
    // Standard Assets にあるC#を読み込む
    csScript = this.GetComponent("myCS");
    // メソッドを呼ぶ
    csScript.showMessage();
}
function OnGUI() {
    GUI.Label(new Rect(10,10,300,20), csScript.message);
}
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CallJSCode.cs(JavaScript内のものを呼び出す)
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using UnityEngine;
using System.Collections;
public class CallJSCode : MonoBehaviour
{
    private myJS jsScript;
    void Awake () {
        // JSを読み込む
        jsScript = this.GetComponent();
        // メソッドを呼ぶ
        jsScript.showMessage();
    }
    void OnGUI() {
        GUI.Label(new Rect(10,100,300,20), jsScript.message);
    }
}
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Androidのネイティブ機能を使うとき、
今私が知っている方法だと Java→C# とデータが渡ります。
さらに、JavaScriptでも使いたいときがあったので、上記の方法を使っています。

実際の画面と上記のプロジェクトがあります↓
http://be-style.jpn.com/unity/20111007