色々なサイトで言われているように、
Max Idle Instances = 1
Min Pending Latency = 15.0s
としてみました。
それから、クーロンはBackendで実行されるものと思い込んでいたのですが、
ちゃんとBackendで実行するようにプログラムで設定する必要がありました。
Backendの設定で参考にしたサイト
http://d.hatena.ne.jp/kagigotonet/20110511/1305103829
http://java.akjava.com/gae/backends
ダッシュボードにも、ちゃんとFrontendって書いてました(汗
改めてBackendを設定してみると、デプロイ画面から違いがありました。
デプロイ先にBackendが追加されてました↓

デプロイ完了後、参考サイトではコマンドを実施していましたが、
現在は何もしなくても管理画面(Main > Backends)で確認できました↓

クーロンが実行されてからダッシュボードを確認してみると、
ちゃんとBackend側で実行されていました↓

画面上の[Application]タグからBackendの名前を選択すると、グラフがBackendに切り替わります。
画面下の[Resource]の表でも、ちゃんとBackend Instance Hours がカウントされてました。
あと、画面右を見ると1日の内で現在はどのカウント位置にいるのかがわかるようです。
この画面からわかることは、
・カウントがリフレッシュされるのは10時間後
・フロントエンドは現在 31% 使用中
・バックエンドは現在 1% 使用中
これを毎日監視しながら、無料枠を超えないようにしていこう。
そろそろリリースできる……かも。