テクスチャだけを入替えられるか試してみました↓

できた!
参考元にも載っていますが、ここで使っているプログラムはこれです。
var objectTexture1 : Texture;
var objectTexture2 : Texture;
private var swapTexture : boolean = false;
function FixedUpdate() {
if (Input.GetButton("Fire1")) {
swapTexture = !swapTexture;
}
}
function OnGUI() {
if (swapTexture) {
renderer.material.mainTexture = objectTexture2;
} else {
renderer.material.mainTexture = objectTexture1;
}
}
画面上で左クリックするとテクスチャが入れ替わります。
オブジェクトはアニメーションしてます。
このままだと高速に2つのテクスチャが交互に入れ替わってしまうので
本来なら修正が必要なのですが、
テクスチャを切替えるという目的だけだったら、これだけで大丈夫なはず・・・。
実際に動いているのは こちらで 見ることができます。
参考:
http://d.hatena.ne.jp/nakamura001/20110725/1311622661